干货分享(送样篇) | 基因组测序送样全攻略,让您的研究更精准!
基因组测序送样指南
欢迎您使用基因组测序服务!常规的基因组高通量测序有全基因组测序、全外显子测序、目标区域测序等。掌握正确的基因组送样要求,是确保实验结果准确可靠的关键。今天,我们为大家带来一份详尽的基因组测序送样指南,帮助您高效地进行基因组测序实验。
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样本类型
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我们接受多种类型的基因组样品,包括但不限于组织样品,环境样品,DNA,pcr产物,文库。
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送样量
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根据实验需求,我们对样品量有明确要求,请确保您提供的样品量足够进行后续分析。以下是我们不同样品的送样量建议。
样本类型 |
送样要求 |
动物组织 |
≥100mg,建议清洗后用冻存管或1.5ml离心管按照一次提取的量50-100mg分装,立即液氮速冻,干冰运输。 |
植物组织 |
≥1g,建议清洗后用冻存管或1.5ml离心管按照一次提取的量100mg分装,立即液氮速冻,干冰运输。 |
细胞 |
≥5×106个,建议送离心后的细胞沉淀(建议洗涤一次弃尽洗涤液,以减少培养液对后续实验的影响),干冰运输。 |
血液 |
全血或分离的白细胞≥0.5ml;血浆、血清≥2ml;干冰运输。 |
石蜡切片、蜡卷 |
5~10张/卷未经HE染色的切片;厚度≥5μm;组织区域面积≥10mm x10mm。建议使用1年内的FFPE样本,常温运输。 |
滤膜 |
2~3张,建议滤膜上有明显沉淀;液氮速冻,干冰运输。 |
粪便 |
人类粪便样本:2~5g;鼠类粪便样本:小鼠3~5粒,大鼠2~3粒;-80℃保存,干冰运输。 |
土壤 |
微生物多样性、宏基因组检测:土壤样本推荐送样量1~5g;极限送样量>0.2g;-80℃保存,干冰运输。 |
水体 |
滤膜样本1张(建议滤膜上有明显污泥);离心样本建议有沉淀物覆盖管底;液氮速冻,干冰运输。 |
拭子 |
口腔或皮肤微生物样本:2~3个拭子;-80℃保存,干冰运输。 |
DNA |
建议送样总量:WGS,WES≥300ng;FFPE提取的DNA≥500ng;ctDNA≥20ng;PCR产物≥300ng。样本体积≥20µL。无RNA和蛋白污染,样品澄清无色,无粘稠,无不溶解物。短期可4℃保存或运输;长时间建议干冰运输。 |
文库 |
建议片段范围300-500bp,浓度≥10ng/ul,体积≥20ul。短期可4℃保存或运输;长时间建议干冰运输。 |
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样本准备方法
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动物组织
1)烧杯倒入50mL生理盐水,解剖活体、选取特定组织,切成0.5cm方形(黄豆粒大小),快速清洗表面血污,滤纸吸干残余水分;
2)放入带螺纹旋盖冻存管中,拧紧盖子(或1.5mL离心管,用锡箔纸包好),放入液氮中速冻,取出后放入自封袋,转移至-80℃冰箱保存;干冰运输。
备注:
①不建议送整块组织,优先小份分装,留好备份。
②次生代谢产物含量极高的动物组织,建议加大送样量。
植物组织
1)优先选取幼嫩、长势良好、具有群体代表性的植株(植物组织越幼嫩新鲜所含的次生代谢产物就越少),使用纯净水或75%乙醇快速清洗以去除表面泥污等,滤纸吸干残余水分,然后切成0.5cm方形小块(黄豆粒大小);
2)放入带螺纹旋盖的冻存管中,拧紧盖子(或用1.5mL离心管,用锡箔纸包好),放入液氮中速冻,取出后放入自封袋,转移至-80℃冰箱保存,干冰运输;
3)对于多糖多酚的植物样本,建议在采集样本之前,将样本置于黑暗环境24-48小时后再取材。如果需要立即取材,请采集样本后,迅速置于低温保存或运输,减少植物中酚等化合物的氧化对核酸的影响。
备注:
①不建议送整块组织,优先小份分装,留好备份。
②含水量高、表面蜡质层厚,或者次生代谢物含量极高的组织,需加大送样量。
细胞样本
贴壁细胞
1)贴壁细胞培养结束后,观察细胞密度和状态;
2)移液器吸去培养皿中细胞培养基;
3)可用刮棒刮取或胰酶消化,用PBS缓冲液快速洗2次;
4)低速离心除去PBS缓冲液;
5)加入少量PBS缓冲液,吸混后转入冻存管,低速离心后弃尽PBS缓冲液,收集后的细胞要求约5×106个,-80℃冰箱中保存,干冰运输。
悬浮细胞
1)悬浮细胞培养结束后,观察细胞密度和状态;
2)离心去除培养基;
3)收集的细胞用PBS缓冲液快速洗2次;
4)低速离心去除PBS缓冲液;
5)加入少量PBS缓冲液,吸混后转入冻存管,低速离心后弃尽PBS缓冲液,收集后的细胞要求约5×106个,-80℃冰箱中保存,干冰运输。
血液样本
全血
1)全血样本,建议使用(非肝素钠)EDTA抗凝管采取血液样本,采集后轻微颠倒采集管,使血液与抗凝剂充分混合;
2)血液样本不建议保存时间过长,新鲜血液4℃放置不超过24 h,冻存血液不超过1年;
3)经过速冻后的样本一定要低温保存,避免反复冻融。
血浆血清
1)使用EDTA抗凝管采集新鲜血液至少5mL,轻微颠倒以充分混匀,避免凝固,2-4h内完成血浆分离;
2)将外周血样本在室温条件下1600g离心10min,离心后将上清(血浆)分装到新的离心管中,在吸取血浆过程中注意不能吸到中间白膜层;
3)将第一次分装出来的血浆样本16000g离心10min,结束后将上清转入新离心管中,在吸取过程中不能吸到管底细胞;
4)将分离好的血浆置于-80℃保存,干冰运输。
石蜡切片、蜡卷
1)石蜡切片或蜡卷厚度5~10µm,组织区域面积≥10mm×10mm,需5~10片;
2)若为穿刺样本,由于表面积小,建议10片以上;
3)若为石蜡块,厚度需达到40µm;
4)石蜡切片置于切片盒中,蜡卷可放1.5ml离心管中保存;常温运输即可;
5)FFPE样本不宜保存时间过长,建议使用1年内的FFPE样本。
粪便样本
人类粪便样本
1)准备好粪便采集管和无菌勺,清洗双手;
2)在便池铺垫卫生纸,在其上进行排便;
3)用无菌勺挖取粪便内部没有接触空气和地面的部分,挖取2~5g,将挖取的粪便放入采集管中,盖紧盖子;
4)做好标记装入自封袋,-80℃保存,干冰运输。
鼠类粪便样本
实验老鼠饲养在独立通风笼,在指定时间内收集老鼠新鲜粪便(小鼠3~5粒,大鼠2~3粒),立即冻存于-80℃冰箱,干冰运输。
备注:
① 及时记录样品信息(样本名、采集时间),尽量保证同一时间采集(哺乳动物肠道微生物时间节律变化);
② 尽量避免尿液污染粪便,可以事先排尿,粪便尽可能排入洁净干燥容器内;
③ 如粪便样品量较多或不能马上收集,最迟要在2小时之内全部收集完。
土壤样本
普通土壤样本
1)取样器具事先消毒灭菌(乙醇火烧)处理后方可开始采样,去除表面浮土,挖取地下相应深度(如2~5cm)的土层,去除可见杂质后,土壤过10目筛网;
2) 为了保证取样的合理性,每个样品需从选定的取样范围内选择3个及以上采样点采集并等量混合而成,混匀后分装到无菌离心管中,避免使用密封袋,建议每个样分装5份以上,1~5g/份(极限0.2g),建议送检1~2份,其余自行备份;
3) 置于-20℃短期保存,长期保存请置于-80℃,干冰运输。
作物类根际土壤样本
1) 采集植物植株,去除根部大块土壤;
2) 晃动根部,去除根部松散的土壤后,使用无菌刷子从根部收集残留土壤;
3) 同一样方多点取样土壤样本等量混合均匀后,液氮速冻;
4) 置于-20℃短期保存,长期保存请置于-80℃,干冰运输。
林木类根际土壤样本
1) 采集地面下10~20cm根际土壤;
2) 去除可见杂质及根系后,过2~5 mm孔径无菌筛网;
3) 同一样方多点取样土壤样本等量混合均匀后,液氮速冻;
4)置于-20℃短期保存,长期保存请置于-80℃,干冰运输。
备注:
若为真菌根际土壤,请务必尽可能去除菌丝体残留,减少对DNA提取的干扰。
采样方法:
土壤样本采样为了保证采样的代表性,同时减小误差,一般可根据实际情况按五点取样、多点取样、S形取样、纵向/深度取样等多种方法进行取样。
水体样本
1) 采集:根据研究目的确定采样深度和范围,采集好的水样需要通过滤膜进行过滤,水样体积较大时需使用过滤泵进行抽滤,建议每个样采集5份以上;
2) 过滤:根据水样的浑浊程度选择相应孔径的滤膜进行过滤,滤膜材质可选择醋酸纤维或聚醚砜滤膜等。清亮水样可直接使用0.22μm(细菌)/0.45μm(真菌)孔径的滤膜,浮游生物可选择0.8~5μm(Piconanoplankton)/5~20μm(微型浮游生物Nanoplankton)/20~180μm(小型浮游生物Microplankton)/180~2000μm(中型浮游生物Mesoplankton)孔径的滤膜,对于浮游生物较多的水体,还可以用3μm的滤膜去掉浮游生物和杂质后再用0.22μm的滤膜收集微生物。过滤水样体积大于100L,或直到滤膜上可见明显覆盖物。浑浊水样过滤前可适当静置分离悬浮粒子或沉淀物,也可以在0.22μm或0.45μm滤膜上放置多层更大孔径的滤膜,如加放一层3~8μm滤膜,以减少堵塞现象,过滤水样体积大于0.5 L(扩增子)或1L(宏基因组);
3) 运输:将滤膜及沉淀物放入50mL的离心管中,每管1~2片滤膜,液氮速冻,-80℃保存,干冰运输。
以上是部分样品的送样参考,如有任何疑问或需要进一步了解,请随时与我们联系,我们将竭诚为您提供帮助。希望本文能为您的研究提供有益的参考,祝您在基因组测序研究中取得丰硕成果!
END