多样性项目介绍

  微生物多样性测序(又称扩增子测序)是利用二/三代测序平台,对16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定区段PCR产物进行高通量测序,突破传统微生物不可培养的缺点,获得环境样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等信息。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域,通过检测目标区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。

适用范围 :

医学领域:常见疾病与人体微生物的关系; 

动物领域:肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等; 

农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等; 

环境领域:雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等; 

特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。  

公司优势 :
 环境微生物群落多样性分析有 Illumina PE250/300 和 PacBio平台两种高通量测序平台可供选择,根据不同的测序要求提供不同的解决方案。
 业务方向多元化,可提供微生物与环境,微生物与健康与农牧业及微生物等多领域服务。
 众多成功案例,强大技术支撑、个性方案设计,宏序生物在微生物群落多样性测序及分析方面众多医院和院校开展合作。


送样要求:
 土壤:10 g;粪便:3-5 g;血液:10 mL;污泥/沉积物:5-10 g;
DNA:总量 ≥ 1 μg、浓度 ≥ 20 ng/μL、1.8 < OD260/280 < 2.0
 
平台选择
 Illumina PE250/300、PacBio平台
 
推荐测序量
 
土壤:3-5万条reads;粪便:3-5万条reads;肠粘膜:2-3万条reads;胃液:2-3万条reads;
水样:2-3万条reads;沉积物:2-3万条reads;皮肤表面:1-2万条reads.

实验主要流程: 

上海宏序生物科技有限公司